Die BEE hat in Verbindung mit der Bodennutzungshaupterhebung die Aufgabe, zu einem möglichst frühen Zeitpunkt exakte Angaben über die Menge und die Qualität der Ernte ausgewählter Fruchtarten für das Land Brandenburg zu liefern. Aufgrund der steigenden Bedeutung eines vorsorgenden Verbraucherschutzes stehen die Qualitätsfaktoren immer mehr im Vordergrund. Daneben werden Aspekte der tierischen Gesundheit berücksichtigt. Die Ergebnisse der BEE sind unverzichtbar für die Ermittlung der Versorgungssituation in Form nationaler Versorgungsbilanzen.

• Die Stichproben werden aus den Daten der letzten allgemeinen Bodennutzungshaupterhebung, aktualisiert durch das Betriebsregister Landwirtschaft oder durch jährlich vorliegende Daten aus dem Integrierten Verwaltungs- und Kontrollsystem (InVeKoS), gezogen.
• Es werden nur Betriebe mit mehr als 5 Hektar landwirtschaftlicher Fläche (LF) berücksichtigt.
• Erhebungseinheiten werden nach einem Stichprobenplan auf zufällig ausgewählten Feldern von Kartoffeln, Raps (Winterraps) und der jeweils häufigsten Getreidearten (Winterweizen, Roggen einschl. Wintermenggetreide, Wintergerste, Sommergerste, Hafer, Triticale) ermittelt.

Anhand der Daten und den übermittelten Ernteproben, werden jährlich die Durchschnitts- bzw. Gesamterträge ausgewählter Getreidearten, der Kartoffeln und des Winterrapses ermittelt.

In Untersuchungseinrichtungen werden die Proben auf ihre Eigenschaften wie Gewichtanteile, Feuchtigkeitsgehalt und mögliche Belastungen mit gesundheitlich nicht erwünschten Stoffen erfasst.